小球藻含豐富的蛋白質、維生素、礦物質(鈣、鎂、鐵等)以及微量元素，其植物激素（如生長素、細胞分裂素等），能夠促進植物根系發育，提升生長速度和產量。

小球藻發酵(約10日)過程中產生的有益菌群(稀釋使用)，能增強植物免疫力，提高對逆境的耐受能力與抗病性，這對於極端氣候條件下的農業尤為重要。

小球藻可吸收水體中的營養鹽(如矽酸鹽、硝酸鹽、磷酸鹽及銨鹽等)，減少水中藻類過度生長和赤潮現象，還可螯合重金屬，吸附其他毒素(如黴菌)和有機污染物等來修復水體生態。